«الهام علی‌اف» رئیس جمهوری آذربایجان بعد از ظهر چهارشنبه ۱۶ خرداد ۱۴۰۳ در تماس تلفنی با سرپرست ریاست جمهوری، ضمن عرض تسلیت و ابراز همبستگی مجدد با دولت و ملت ایران، شهادت آیت الله رئیسی را ضایعه‌ای بزرگ نه تنها برای ایران، بلکه برای همه کشورها و ملت‌های مسلمان دانست. سرپرست ریاست جمهوری نیز در این گفت وگوی تلفنی ضمن تشکر از ابراز همدردی و همبستگی دولت و ملت آذربایجان به مناسبت شهادت دکتر رئیسی و همراهان وی تاکید کرد: همانگونه که رئیس جمهور شهید دکتر رئیسی تاکید داشتند، ملت ایران و آذربایجان با یکدیگر پیوندهای دینی، خویشاوندی و قلبی دارند که این پیوند ناگسستنی است. مخبر همچنین تاکید کرد که از توافقات صورت گرفته در دیدار اخیر با رئیس جمهور شهید حمایت می‌کنیم و ضروری است این توافقات هر چه سریع‌تر اجرایی شوند. وی تصریح کرد: دکتر رئیسی اعتقاد داشت صلح و امنیت صرفا از طریق همکاری کشورهای منطقه قابل تحقق است و بر این باور بود که رژیم صهیونیستی عملا بخشی از ناتو است و باز شدن پای چنین بیگانگانی در منطقه باعث ایجاد ناامنی در قفقاز می‌شود. سفارت آذربایجان در تهران به زودی بازگشایی می‌شود رئیس جمهوری آذربایجان نیز در این گفت وگوی تلفنی با اشاره به رایزنی‌ها و توافقات خود با رئیس جمهور شهید کشورمان در آخرین دیدار فیمابین، اجرایی شدن توافقات به دست آمده در آن نشست را موجب ارتقای روابط و همکاری‌ها دانست و گفت: از جمله توافقاتی که در دیدار با شهید دکتر رئیسی داشتیم، بازگشایی سفارت آذربایجان در تهران بود که به زودی انجام می‌شود. وی همچنین تاکید کرد که به همکاری‌های منطقه‌ای و پرهیز از حضور بیگانگان در منطقه متعهد خواهد بود.