همزمان با روزهای آغازین دولت پزشکیان، خبرهایی مبنی بر منصوب شدن محمدجواد ظریف به سمت معاون راهبردی رییس‌جمهور، به ابهاماتی نسبت به صحت روند انتخاب و انتصاب وی منجر شده است. طبق اظهارات برخی نخبگان و مقامات، روند انتصاب وی از دیدگاه برخی تحلیل‌گران، برخلاف رویه‌ها و مقررات لازم و قانونی انجام شده و این موضوع ذهن بسیاری را به خود مشغول کرده است. برخی از بررسی‌های انجام‌شده، نشان می‌دهد که روند انتصاب وی بدون رعایت شفافیت‌های مورد نیاز سازمان‌ها و مراجع قانونی صورت گرفته است و تاکنون علی رغم انتظارات افکار عمومی ظریف بدون هیچ مشکلی به فعالیت خود ادامه می دهد. از سوی دیگر این انتصاب و نحوه گزارشی از سوابق وی، در کنار ابهامات دیگری نظیر درخواست ویزای شینگن شش ماهه از کشور آلمان برای ظریف و همسرش ادعاهای جدی درباره تصرف غیرمجاز در اموال دولتی مطرح کرده است. همچنین، در این میان، اشاره‌هایی صورت گرفته است که اخذ ویزای شینگن از طریق دستگاه های دولتی به عنوان پرونده‌ای جداگانه، مصداق استفاده نادرست از منابع و اموال عمومی محسوب می‌شود. بر اساس این اظهارات، به هر حال امیدواریم نهادهای نظارتی و قانونی بررسی دقیقی نسبت به این مساله داشته باشند. به گفته کارشناسان سیاسی، این مسایل می‌تواند پیامدهای قابل توجهی بر روند تصمیم‌گیری‌های کشور و اعتبار نهادها داشته باشد. برخی معتقدند که در شرایط حساس فعلی، تبیین دقیق روند انتصاب مقامات و شفاف‌سازی امور مالی و اداری ضروری است تا از هرگونه تخلفات اداری و مالی جلوگیری شود. با وجود ابهامات موجود، نهادهای رسمی تا کنون مرجعیتی برای اظهار بیانیه قطعی در این باره ارائه نکرده‌اند و منتظر اعلام نتایج تحقیقات داخلی و مستقل هستند. در همین حال، فضای رسانه‌ای و عمومی از سوی برخی نهادهای مستقل  خواستار دستورات دقیق‌تر و شفافیت بیشتر در این زمینه شده است.