با صدور حکمی از سوی حسین سیمایی وزیر علوم، تحقیقات و فناوری، محمدجواد نجفی به عنوان «رایزن علمی و سرپرست دانشجویان ایرانی در منطقه شامات (مستقر در عراق)» منصوب شد. در متن حکم انتصاب صادر شده از سوی وزیر علوم، تحقیقات و فناوری خطاب به محمدجواد نجفی، عضو هیئت علمی دانشگاه جامع امام حسین (ع) آمده است: نظر به تعهد و تجارب ارزنده جناب‌عالی در امر آموزش عالی و بر اساس بند 7 بخش ج ماده 2 قانون اهداف، وظایف و تشکیلات وزارت علوم، تحقیقات و فناوری، مصوب 1383/06/01 مجلس شورای اسلامی ایران، به‌مدت دو سال به سمت رایزن علمی و سرپرست دانشجویان ایرانی در منطقه شامات (مستقر در عراق) منصوب می‌شوید. از جناب‌عالی انتظار می‌رود علاوه بر انجام وظایف مصرح در قانون اعزام، مصوب 1364 مجلس شورای اسلامی، و رعایت کامل آیین‌نامه وظایف، اختیارات، ساختار و راهکارهای اجرایی رایزنان علمی و سرپرست دانشجویان ایرانی در خارج از کشورمصوب 1388/02/26 وزراتین علوم، تحقیقات و فناوری و بهداشت، درمان و آموزش پزشکی، امور مربوط به ارتباطات علمی و فناوری کشورهای محل مأموریت را در مقام رایزن علمی اجرا نمایید. همچنین بر شناسایی دقیق استعدادها و امکانات علمی موجود در آن کشورها، ایجاد زمینه بهره‌برداری از آنها و برقراری ارتباطات و همکاری‌های علمی با دانشگاه‌ها و مراکز پژوهشی میهن اسلامی، به‌ویژه جذب دانشجویان و فناوران، با هماهنگی سازمان امور دانشجویان، مرکز همکاری‌های علمی و بین‌المللی وزارت و نمایندگی‌های جمهوری اسلامی در آن کشورها، در چهارچوب سیاست‌های دولت، تأکید می‌نمایم.