متن پیام رهبر انقلاب اسلامی به این شرح است: بسم الله الرحمن الرحیم درگذشت عالم فرزانه جناب حجت‌الاسلام والمسلمین آقای حاج سید حسن مصطفوی رحمة‌الله‌علیه را به خاندان گرامی و شاگردان و ارادتمندان ایشان تسلیت عرض می‌کنم. تحقیق و تدریس در علوم عقلی و فلسفه‌ی اسلامی برجسته‌ترین فعالیت علمی این روحانی انقلابی و پر تلاش بود که در کنار اشتغالات فرهنگی و مردمی، کارنامه‌ئی وزین برای آن بزرگوار پدید آورده بود. از خداوند متعال پاداش بزرگ و رحمت و مغفرت برای ایشان مسألت می‌کنم. سیدعلی خامنه‌ای ۸ شهریور ۱۴۰۱