همچنین در چارچوب وظایف و مسئولیت‌های محوله در قالب قانون سازمان هواپیمایی کشوری و سایر قوانین و مقرارت موضوعه، نظارت‌های لازم در خصوص الزام رعایت مقرارت و بخشنامه‌های نرخی و سایر الزمات موضوعه صورت گرفته است. در حوزه برخورد با تخلفات مربوط به دفاتر و سایت‌های فروش بلیت هوایی، پروانه فعالیت دفاتر دارای مجوز فروش الکترونیکی از این سازمان در چندین مورد تعلیق و در صورتی که دارای مجوز از این سازمان نبوده به مراجع صلاحیت‌دار به منظور برخورد با این دفاتر و سایت‌ها (دادسرای فرهنگ و رسانه، دادسرای عمومی و انقلاب ویژه فرودگاه‌های تهران و پلیس فتا) جهت انسداد سایت‌ها معرفی شده‌اند. در خصوص شرکت‌های هواپیمایی نیز در دو حوزه تخلفات نرخی و پروازهای چارتری اقدامات بشرح ذیل انجام شده است: نخست در حوزه تخلفات نرخی، رصد مستمر و روزانه تمامی کانال‌ها و سیستم‌های توزیع و فروش در جهت انطباق با نرخ‌های نمایش داده شده و فروش رفته با نرخ‌نامه ابلاغی این سازمان انجام می‌گیرد و موارد تخلف به سازمان تعزیزات حکومتی جهت برخورد تعزیزاتی معرفی می‌شوند که تاکنون چند پرونده در سازمان مزبور تشکیل شده و در دست پیگیری است. در حوزه پروازهای چارتری نیز این سازمان با ابلاغ بخشنامه به شرکت‌های هواپیمایی، برقراری پرواز چارتری در شش مسیر از مبدا و به مقصد تهران (مشهد، تبریز، اصفهان، شیراز، اهواز، بندرعباس) را غیرمجاز اعلام و به شرکت‌های هواپیمایی ۱۴ روز مهلت برای حذف پروازهای چارتری در مسیرهای فوق‌الذکر تعیین کرد. با اتمام مهلت تعیین شده، مجوزهای پروازی آن دسته از شرکت‌های هواپیمایی که نسبت به رعایت بخشنامه ابلاغی اقدام نکردند، در برخی از مسیرها ابطال شد که همواره به عنوان آخرین اقدام، در دستور کار این سازمان قرار می‌گیرد. این اقدام در ادامه تذکرات کتبی قبلی، معرفی به دستگاه‌های نظارتی و تعزیزاتی وضع شده برای شرکت‌ها در حوزه غیرعملیاتی و بنا به دستور صریح مقام عالی وزارت صورت گرفت.